В 2004 году защитил кандидатскую диссертацию, озаглавленную
«Этноэкологические основы коми-ижемского оленеводства». С 2005 по 2012 год работал в Институте социальной антропологии общества Макса Планка (г. Халле, Германия). По возвращении в Россию и до настоящего времени работает в Секторе этнографии Института языка,
литературы и истории Коми научного центра УрО РАН в должности старшего научного сотрудника. Вся научная карьера К. В. Истомина была посвящена исследованиям традиционного оленеводческого хозяйства и связанных с ним навыков и умений у народов российской Арктики.